Le Conseil Scientifique du Patrimoine Naturel et de la Biodiversité a rendu son avis à propos du projet de Notre-Dame-Des-Landes d'un point de vue essentiellement écologique. Dans cet avis, il est question de compensations environnementales insuffisantes à leurs yeux:

          "Le projet d’aéroport de Notre-Dame des Landes, à proximité de Nantes, présente une emprise globale au sol d’environ 1400 ha. [...] Selon les critères de l’arrêté du 24 juin 2008 relatif à la délimitation des zones humides, une proportion très élevée de ces milieux, soit 98 % sur la base de critères pédologiques et 13 % (mais 80%pro parte) sur la base de critères de végétation, correspond à des zones humides. Ce sont en grande partie des zones humides de plateau, mais également de hauts de versants, où

apparaissent de nombreuses sources. [...] Comme il date d’une cinquantaine d’années, le projet d’aéroport a permis de préserver ces milieux de l’intensification agricole qui a conduit à un appauvrissement très net de la biodiversité dans les territoires voisins. C’est cette situation particulière qui détermine toute l’originalité (voire l’unicité) de cette zone humide dans le contexte de l’Ouest de la France. [...] Les données disponibles au niveau international en écologie de la compensation et de la restauration montrent que les bilans de telles opérations de compensation sur des zones humides restent très insatisfaisants (Robb, 2002 ; Moilanen et al., 2009) et les restaurations des fonctions écologiques seulement très partielles (Moreno-Mateos et al., 2012). [...] Les agriculteurs eux-mêmes sont très réservés par rapport à des mesures compensatoires d’extensification de pratiques agricoles dans les territoires voisins, qu’ils considéreraient comme une « double peine » par rapport à leur activité. La mise en œuvre effective de telles mesures compensatoires par la profession agricole serait donc loin d’être assurée."

        D'après les données disponibles au niveau international en écologie, les compensations des zones humides restent très insatisfaisantes. Ces données sont vérifiables en plus de la crédibilité accordée à ce conseil (en charge de veiller, de conseiller, d’alerter, et de réfléchir sur l’ensemble des questions scientifiques concernant le patrimoine naturel terrestre et aquatique (paysages, écosystèmes, espèces ou génomes). Pour le CSPNB, les agriculteurs ne consentent pas à des mesures compensatoires, ce qui est compréhensible sachant qu'ils vont perdre la zone de Notre-Dame-Des-Landes qui est constituée de terres agricoles.

            L'avis que le CSPNB possède est partagé, en effet l'Union Internationale pour la Conservation de la Nature et Nicolas Hulot dénoncent aussi l'insuffisance des compensations. La Fédération Départementale de la Pêche. Nicolas Hulot en parle notamment dans un interview (lien de la retranscription) avec un journaliste sur Europe 1 (chaîne de radio) : 

"Journaliste : «Est-ce-que cela renforce votre envie de modifier votre réflexion sur la prochaine échéance qui arrive, c’est-à-dire l’élection présidentielle?»

Nicolas Hulot : «Non, ça nourrit évidemment ma réflexion sur le fait que ces sujets là ne sont pas à l’ordre du jour, que le sujet de la biodiversité est un sujet qui nous est totalement étranger, que la disparition des terres agricoles et des zones humides, visiblement, n’affecte plus personne. Que ce sujet ne soit pas encore inscrit dans notre culture. Et que j’espère que dans les 12 mois qui nous séparent de l’élection présidentielle, l’enjeu écologique, pas d’une manière domotique, pas d’une manière caricaturale, refasse surface, pour que chacun comprenne que ce n’est pas un enjeu optionnel, que ça conditionne notre avenir, notre liberté, notre économie."

Nicolas Hulot rappelle l'importance de l'environnement à l'aide d'une antiphrase ("ça nourrit évidemment ma réflexion sur le fait que ces sujets là ne sont pas à l’ordre du jour") dans un interview qui concerne le projet de Notre-Dame-Des-Landes, il dénonce et pense donc que le projet sera nocif pour l'environnement et donc indirectement que les compensations prévues sont très insatisfaisantes. L'UICN adresse une lettre au ministère de l’écologie pour faire part de leur avis :

"Les zones humides abritent un très grand nombre d’espèces animales et végétales adaptées et caractéristiques de ces milieux. Elles rendent de nombreux services à notre société, tels que la production de nourriture et de matériaux divers, la régulation de la ressource en eau ou encore le contrôle des pollutions (nitrates, métaux lourds, pesticides,...). Pourtant, près de 67% des zones humides métropolitaines ont disparu depuis le début du XXème siècle : leur conservation est donc un enjeu prioritaire et le lancement d’un nouveau plan national d’actions en 2014 a été annoncé par le gouvernement lors de la 2ème conférence environnementale. Le site concerné, d’une superficie d’environ 1.600 hectares, est en effet constitué à 98 % de zones humides. Il s’agit d’un espace bocager de landes et de prairies humides, ainsi que de prairies mésophiles et de forêts de feuillus. (...) Ce site est d’une grande importance écologique, au sens large. En effet, il englobe deux Zone Naturelle d’Intérêt Ecologique, Faunistique et Floristique (ZNIEFF) et accueille une quarantaine d’espèces d’intérêt national et/ou communautaire, pour certaines protégées par les Directives « Oiseaux » et « Habitats », au même titre que plusieurs communautés végétales Mais surtout, de par la configuration topographique, leur situation géographique, et leurs conditions d’usages, ces zones humides jouent un rôle clé dans la régulation de la ressource en eau, dont l’écrêtement des crues. La destruction de cet écosystème, même accompagnée de mesures compensatoires adéquates, aura des impacts autant quantitatifs que qualitatifs sur les masses d’eaux de surface, souterraines et de transition à une échelle bien plus large que celle du site, sans oublier l’augmentation du risque d’inondation pour les habitants des villes alentours."

L'UICN nous rappelle aussi que la conservation des zones humides (et des espèces qui y vivent) est importante en nous mettant en garde que "67 % des zones humides ont disparu depuis le début du XXème siècle", cependant, il y ajoute que même si les compensations sont "adéquates", il y aura des impacts néfastes sur les villes environnantes